如果精子存在DNA损伤，如断裂或片段化，这些损伤会在受精后传递给胚胎，造成胚胎发育异常，增加碎片化的风险。补充说明，精子活力低下或形态异常也会影响其与卵子结合的能力，进而影响胚胎的正常发育。卵子的质量同样对胚胎的发育至关重要。随着女性年龄的增长，卵子的质量和数量都会逐渐下降，这是招致高龄女性生育困难的主要原因之一。卵子老化会催生染色体异常的概率增加，这种异常不仅影响受精过程，还会在胚胎发育过程中引起细胞分裂错误，产生更多的碎片。
另外，卵子内的线粒体功能也是影响胚胎质量的关键因素，线粒体功能障碍会酿成能量供应不足，影响胚胎的正常发育。母体的内环境对胚胎的发育也有重要影响。例如，子宫内膜的容受性、激素水平的变化等都可能影响胚胎的着床和发育。如果母体内存在炎症反应或免疫系统异常，这些因素可能会干扰胚胎的正常发育，增加碎片化的风险。另外，母体的生活习惯，如吸烟、饮酒等，也可能对卵子质量产生负面影响，间接造成胚胎碎片增多。除了精卵质量和母体环境外，实验室的条件和技术水平也是影响胚胎质量的重要因素。
培养基的成分、pH值、温度等都需严格控制，以模拟人体内的自然环境。任何细微的偏差都可能致使胚胎发育异常，增加碎片化。还有，操作人员的技术水平和经验也直接影响到胚胎的处理和培养过程，技术不当可能会造成机械性损伤，引发细胞分裂异常，形成碎片。